In het begin van de 14e eeuw wordt Marsum voor het eerst genoemd, maar het dorp is veel ouder. Het terpdorp stamt uit het begin van de jaartelling. Het lag aan de Middelzee, een lagune die ver in Friesland was doorgedrongen. Aan de overkant lag Leeuwarden. Van de 10e tot 13e eeuw bood de Middelzeedijk, de huidige Hegedyk, een goede bescherming tegen de zee.

In de eerste helft van de 13e eeuw werd de Tsjessingadyk aangelegd, een dijk dwars door de Middelzee heen, die het begin vormde van de grootscheepse inpoldering van deze zeearm.

De kerk staat op het hoogste punt van de terp (ongeveer 7,5 meter). Er zal eerst een houten gebouw hebben gestaan, zo tussen 1100 en 1200 is men met de bouw van het stenen kerkgebouw begonnen.

De geschiedenis van het gebouw is goed aan het gebruik van verschillende stenen in de gevels te zien. Drie soorten kunnen duidelijk worden onderscheiden:

– De bij de eerste bouw gebruikte “douwestien”, tufsteen, aangevoerd vanuit Duitsland.

– De bij een eerste restauratie en uitbreiding verwerkte “alde Friezen”, kloostermoppen, gebakken door kloosterlingen. Deze steen was aanmerkelijk goedkoper dan de dure tufsteen.

-De kleine, Friese, gele stenen, afkomstig uit Friese steenbakkerijen werden gebruikt bij latere restauraties, zoals de vijfzijdige koorsluiting en de bekleding van de 13e eeuwse toren in de 18e eeuw.

De kerk is gewijd aan de heilige Pontianus.